北海道以南の日本海岸及び北海道南西部から土佐湾までの太平洋岸に多く見られ、まれに瀬戸内海や東シナ海でも見られる。旬は秋から春。産卵期を迎える春から初夏にもまとまって穫れるが、鮮度が落ちやすいため安価なフグとされる。白子はやや高価。食用とされているフグの一種だが、可食部分の筋肉にも弱い毒がある。あっさりとした白身で、クセもないため、味噌汁や鍋などの汁物から干物、唐揚げなど多彩なアレンジができる。卵巣は猛毒だが、石川県では郷土料理のぬか漬けにすることで有名。卵巣を食品として製造しているのは全国で石川県のみである。 温暖化による水温上昇の影響で、ゴマフグの生息域が広域化し、近年ゴマフグとショウサイフグとの雑種が急増している。フグの持つテトロドトキシンは、その種により毒の含有部位が異なり、同種であっても個体によって強弱がある。雑種のフグは、テトロドトキシンの含有部位が不鮮明な上に、見た目も純粋なゴマフグやショウサイフグとの区別が困難であることが問題となっている。
体はやや細長く、紡錘型。体色は背面が黒っぽく、腹面が白い。背側全体には黒いゴマ状の細かい斑がある。背ビレと尾ビレは黒色で、臀ビレはレモンのような黄色。腹ビレがない。背面と腹面には小さな棘がある。似た魚にショウサイフグがいるが、ゴマフグの背面と腹面にある小さな棘がショウサイフグにはないことで両者を区別できる。目は小さく、体長は45cm程度まで成長する。
あっさりとした白身でクセもなく食べやすい。味噌汁や鍋などの汁物として調理するのが向いている。下味をつけた唐揚げも美味。身がふんわりとして柔らかく子供から年配の方まで幅広い層で食べやすい味わい。白子は濃厚で栄養価も高い。
肝臓、卵巣は猛毒、精巣と筋肉は弱毒、皮膚は強毒のテトロドトキシンをもつ。腸は無毒。 無毒の腸と弱毒の精巣・筋肉は食用とされるが、個体によって毒に強弱があるため多く摂取するのは危険。調理には免許が必要。
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